Regntiden i Mosambik er i fra okt/nov - mars/april. I løpet av denne tiden er det fare for både oversvømmelser og flom. Sykloner forekommer i perioden februar - mars, og de nordligste provinsene er mest utsatt.
I februar 2006 ble det sentrale Mosambik rammet av et jordskjelv som målte 7,5 på Richters skala. Skjelvet medførte ikke store ødeleggelser. Dette var det første skjelvet på svært lang tid og faren for nye skjelv anses ikke for å være veldig stor.